1 概念
MySQL的慢查询，全名是慢查询日志，是MySQL提供的一种日志记录，用来记录在MySQL中响应时间超过阀值的语句。
具体环境中，运行时间超过long_query_time值的SQL语句，则会被记录到慢查询日志中。
long_query_time的默认值为10，意思是记录运行10秒以上的语句。
默认情况下，MySQL数据库并不启动慢查询日志，需要手动来设置这个参数。
当然，如果不是调优需要的话，一般不建议启动该参数，因为开启慢查询日志会或多或少带来一定的性能影响。慢查询日志支持将日志记录写入文件和数据库表。
2 参数
MySQL 慢查询的相关参数解释：
slow_query_log：是否开启慢查询日志，1表示开启，0表示关闭。
log-slow-queries ：旧版（5.6以下版本）MySQL数据库慢查询日志存储路径。可以不设置该参数，系统则会默认给一个缺省的文件host_name-slow.log
slow-query-log-file：新版（5.6及以上版本）MySQL数据库慢查询日志存储路径。可以不设置该参数，系统则会默认给一个缺省的文件host_name-slow.log
long_query_time：慢查询阈值，当查询时间多于设定的阈值时，记录日志。
log_queries_not_using_indexes：未使用索引的查询也被记录到慢查询日志中（可选项）。
log_output：日志存储方式。log_output='FILE'表示将日志存入文件，默认值是'FILE'。log_output='TABLE'表示将日志存入数据库。
3 配置
3.1 slow_query_log
默认情况下slow_query_log的值为OFF，表示慢查询日志是禁用的，可以通过设置slow_query_log的值来开启，如下所示：
mysql> show variables like '%slow_query_log%';
+---------------------+-----------------------------------------------+
| Variable_name | Value |
+---------------------+-----------------------------------------------+
| slow_query_log | OFF |
| slow_query_log_file | /home/WDPM/MysqlData/mysql/DB-Server-slow.log |
+---------------------+-----------------------------------------------+
2 rows in set (0.00 sec)
mysql> set global slow_query_log=1;
Query OK, 0 rows affected (0.09 sec)
使用set global slow_query_log=1开启了慢查询日志只对当前数据库生效，MySQL重启后则会失效。
如果要永久生效，就必须修改配置文件my.cnf（其它系统变量也是如此）。
my.cnf要增加或修改参数slow_query_log 和slow_query_log_file，如下所示
slow_query_log = 1
slow_query_log_file = /tmp/mysql_slow.log
然后重启MySQL服务器。
3.2 slow_query_log_file
这个参数用于指定慢查询日志的存放路径，缺省情况是host_name-slow.log文件，
mysql> show variables like 'slow_query_log_file';
+---------------------+-----------------------------------------------+
| Variable_name | Value |
+---------------------+-----------------------------------------------+
| slow_query_log_file | /home/WDPM/MysqlData/mysql/DB-Server-slow.log |
+---------------------+-----------------------------------------------+
1 row in set (0.00 sec)
3.3 long_query_time
开启了慢查询日志后，什么样的SQL才会记录到慢查询日志里面呢？
这个是由参数long_query_time控制，默认情况下long_query_time的值为10秒，可以使用 命令修改，也可以在my.cnf参数里面修改。
关于运行时间正好等于long_query_time的情况，并不会被记录下来。
也就是说，在mysql源码里是判断大于long_query_time，而非大于等于。
从MySQL 5.1开始，long_query_time开始以微秒记录SQL语句运行时间，之前仅用秒为单位记录。
如果记录到表里面，只会记录整数部分，不会记录微秒部分。
mysql> show variables like 'long_query_time%';
+-----------------+-----------+
| Variable_name | Value |
+-----------------+-----------+
| long_query_time | 10.000000 |
+-----------------+-----------+
1 row in set (0.00 sec)
mysql> set global long_query_time=4;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql> show variables like 'long_query_time';
+-----------------+-----------+
| Variable_name | Value |
+-----------------+-----------+
| long_query_time | 10.000000 |
+-----------------+-----------+
1 row in set (0.00 sec)
如上所示，我修改了变量long_query_time，但是查询变量long_query_time的值还是10，难道没有修改到呢？
注意：使用 命令 set global long_query_time=4修改后，需要重新连接或新开一个会话才能看到修改值。
用 show variables like 'long_query_time' 查看是当前会话的变量值。
也可以不用重新连接会话，而是用 show global variables like 'long_query_time';。
3.4 log_output
log_output参数指定日志的存储方式。
log_output='FILE'表示将日志存入文件，默认值也是'FILE'。
log_output='TABLE'表示将日志存入数据库，这样日志信息就会被写入到mysql.slow_log表中。
同时也支持两种日志存储方式，配置的时候以逗号隔开即可，如：log_output='FILE,TABLE'。
日志记录到系统的专用日志表中，要比记录到文件耗费更多的系统资源。
因此对于需要启用慢查询日志，又需要能够获得更高的系统性能，那么建议优先记录到文件。
mysql> show variables like '%log_output%';
+---------------+-------+
| Variable_name | Value |
+---------------+-------+
| log_output | FILE |
+---------------+-------+
1 row in set (0.00 sec)
mysql> set global log_output='TABLE';
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql> show variables like '%log_output%';
+---------------+-------+
| Variable_name | Value |
+---------------+-------+
| log_output | TABLE |
+---------------+-------+
1 row in set (0.00 sec)
mysql> select sleep(5) ;
+----------+
| sleep(5) |
+----------+
| 0 |
+----------+
1 row in set (5.00 sec)
mysql>
mysql> select * from mysql.slow_log;
+---------------------+---------------------------+------------+-----------+-----------+---------------+----+----------------+-----------+-----------+-----------------+-----------+
| start_time | user_host | query_time | lock_time | rows_sent | rows_examined | db | last_insert_id | insert_id | server_id | sql_text | thread_id |
+---------------------+---------------------------+------------+-----------+-----------+---------------+----+----------------+-----------+-----------+-----------------+-----------+
| 2016-06-16 17:37:53 | root[root] @ localhost [] | 00:00:03 | 00:00:00 | 1 | 0 | | 0 | 0 | 1 | select sleep(3) | 5 |
| 2016-06-16 21:45:23 | root[root] @ localhost [] | 00:00:05 | 00:00:00 | 1 | 0 | | 0 | 0 | 1 | select sleep(5) | 2 |
+---------------------+---------------------------+------------+-----------+-----------+---------------+----+----------------+-----------+-----------+-----------------+-----------+
2 rows in set (0.00 sec)
3.5 log-queries-not-using-indexes
该系统变量指定未使用索引的查询也被记录到慢查询日志中（可选项）。
如果调优的话，建议开启这个选项。
另外，开启了这个参数，其实使用full index scan的SQL也会被记录到慢查询日志。
mysql> show variables like 'log_queries_not_using_indexes';
+-------------------------------+-------+
| Variable_name | Value |
+-------------------------------+-------+
| log_queries_not_using_indexes | OFF |
+-------------------------------+-------+
1 row in set (0.00 sec)
mysql> set global log_queries_not_using_indexes=1;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql> show variables like 'log_queries_not_using_indexes';
+-------------------------------+-------+
| Variable_name | Value |
+-------------------------------+-------+
| log_queries_not_using_indexes | ON |
+-------------------------------+-------+
1 row in set (0.00 sec)
3.6 log_slow_admin_statements
这个系统变量表示，是否将慢管理语句例如ANALYZE TABLE和ALTER TABLE等记入慢查询日志。
mysql> show variables like 'log_slow_admin_statements';
+---------------------------+-------+
| Variable_name | Value |
+---------------------------+-------+
| log_slow_admin_statements | OFF |
+---------------------------+-------+
1 row in set (0.00 sec)
3.7 Slow_queries
如果你想查询有多少条慢查询记录，可以使用Slow_queries系统变量。
mysql> show global status like '%Slow_queries%';
+---------------+-------+
| Variable_name | Value |
+---------------+-------+
| Slow_queries | 2104 |
+---------------+-------+
1 row in set (0.00 sec)
另外，还有log_slow_slave_statements 和 --log-short-format 参数，可到MySQL网站了解。
4 mysqldumpslow工具
在生产环境中，如果要手工分析日志，查找、分析SQL，显然是个体力活。
MySQL提供了日志分析工具mysqldumpslow
查看mysqldumpslow的帮助信息：
[root@DB-Server ~]# mysqldumpslow --help
Usage: mysqldumpslow [ OPTS... ] [ LOGS... ]
Parse and summarize the MySQL slow query log. Options are
--verbose verbose
--debug debug
--help write this text to standard output
-v verbose
-d debug
-s ORDER what to sort by (al, at, ar, c, l, r, t), 'at' is default（排序方式）
al: average lock time（平均锁定时间）
ar: average rows sent（平均返回记录数）
at: average query time（平均查询时间）
c: count（访问计数）
l: lock time（锁定时间）
r: rows sent（返回记录）
t: query time（查询时间）
-r reverse the sort order (largest last instead of first)
-t NUM just show the top n queries（返回前面n条数据）
-a don't abstract all numbers to N and strings to 'S'
-n NUM abstract numbers with at least n digits within names
-g PATTERN grep: only consider stmts that include this string（正则匹配模式，大小写不敏感）
-h HOSTNAME hostname of db server for *-slow.log filename (can be wildcard),
default is '*', i.e. match all
-i NAME name of server instance (if using mysql.server startup script)
-l don't subtract lock time from total time
比如，得到返回记录集最多的10个SQL。
mysqldumpslow -s r -t 10 /database/mysql/mysql06_slow.log
得到访问次数最多的10个SQL
mysqldumpslow -s c -t 10 /database/mysql/mysql06_slow.log
得到按照时间排序的前10条里面含有左连接的查询语句。
mysqldumpslow -s t -t 10 -g “left join” /database/mysql/mysql06_slow.log
另外建议在使用这些命令时结合 | 和more 使用 ，否则有可能出现刷屏的情况。
mysqldumpslow -s r -t 20 /mysqldata/mysql/mysql06-slow.log | more
原文来自： https://www.linuxprobe.com/mysql-slow-query.html